第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗
演员：伊恩·麦克莱恩 Bimbo Hart 阿拉斯泰尔·麦金托什 大卫·凯利 本·巴恩斯 凯特·玛蔻温 梅拉妮·希尔 查理·考克斯 西耶娜·米勒 亨利·卡维尔 内森奈尔·帕克 弗兰克·埃利斯 彼得·奥图尔 马克·斯特朗 杰森·弗莱明 马克·希普 斯特鲁恩·罗杰 鲁伯特·艾弗雷特 大卫·威廉姆斯 朱利安·林希德-图特 亚当·布克斯顿 米歇尔·菲佛 克莱尔·丹尼斯 莎拉·亚历山大 乔安娜·斯坎伦 乔治·因斯 杰克
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演员：莱昂纳多·迪卡普里奥 约瑟夫·高登-莱维特 艾利奥特·佩吉 汤姆·哈迪 渡边谦 迪利普·劳 基里安·墨菲 汤姆·贝伦杰 玛丽昂·歌迪亚 皮特·波斯尔思韦特 迈克尔·凯恩 卢卡斯·哈斯 李太力 克莱尔·吉尔蕾 马格努斯·诺兰 泰勒·吉蕾 乔纳森·吉尔 水源士郎 冈本玉二 厄尔·卡梅伦 瑞恩·海沃德 米兰达·诺兰 拉什·费加 蒂姆·科勒赫 妲露拉·莱莉
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